东京城里有透明怪人的话题，被新闻媒体炒得沸沸扬扬。不久岛田的珍珠宝塔被人盗走，接着明智大侦探夫妇相继失踪也变成透明人。一天，透明怪人团伙的首领怪老人被抓，盘问怪老人的审讯室里居然出现三个明智大侦探，这究竟是怎么回事？明智大侦探和少年侦探团能将犯罪嫌疑人绳之以法吗？

被关押在监狱里的怪盗二十面相宣称，自己已经升级为四十面相，并成功越狱。这一回，他的目标是黄金骷髅的宝藏，大侦探明智小五郎和小林芳雄能够抢先破解宝藏的密码，并再次将四十面相绳之以法吗？

日本上空出现了宇宙飞碟，有很多人都亲眼目睹，媒体也竞相报道。飞碟中的怪人，在日本频频亮相，制造一个又一个事件，这使人们陷入恐慌。大侦探明智小五郎和他的徒弟小林芳雄，又一次与歹徒斗智斗勇，揭开宇宙飞碟和宇宙怪人的秘密……

天色暗淡的傍晚，一位白胡子爷爷出现在东京的一条街上。他与少年们交谈时谎称深山老林里有铁塔王国，并要挟高桥贤二的父亲向铁塔王国捐助巨额经费。因其父亲拒绝捐助，贤二遭到绑架。少年侦探小林秘密潜入铁塔王国，被歹徒识破，与贤二一起被关押在空中牢房，情况紧急。明智大侦探与警方能否端掉铁塔王国，抓获独角虫怪物团伙？

东京城里发生了一连串的抢劫盗窃案件，并且事后在案发现场都发现了落款灰色巨人的便笺。在珍珠塔和珍珠项链之后，歹徒将目标对准了少年侦探园井家的彩红宝石王冠，少年侦探团和流浪儿别动队全体出动，能够战胜神秘的灰色巨人吗？灰色巨人的真面目到底是什么呢？

某海难救助公司接受委托，潜入某处浅海区打捞一艘沉船，结果连沉船影子也没有见着。十天后，少年侦探贤吉在神社森林里发现一个匆忙的人影。这人让他保管一只小铁箱，箱子里藏有当年的船长遗书、保险公司的证明书和到航海图。为寻找和打捞这批黄金，潜水员先后在沉船附近发现铁人鱼、鱼形潜水艇和巨型螃蟹等……

东京城里出现了一头专门吞吃珠宝和钞票的黄金豹，它先后抢劫了银行、珠宝店，还引发了一起列车劫案，搞得人心惶惶，而且每次它消失的时候，都会出现一个老人……大侦探明智小五郎和小林芳雄带领少年侦探团层层设防，终于撕下了黄金豹的伪装，让所有的失物物归原主。

六年级学生不二夫发现院子树林里有一黄金怪人，可以瞬间变成少年和只有二十厘米高度的矮个。不久，其父亲珍藏的书失窃。又不久，少年侦探团长小林被诱骗落入圈套。明智将计就计，救出小林，与少年侦探团一起协助警方捣毁了黄金怪人的巢穴。

马戏团的演出现场惊现骷髅怪人。来历不明的骷髅怪人频频滋事，将马戏团搅得天翻地覆。同时，马戏团长的儿子正一神秘失踪。为了解真相，少年侦探团一路追踪腹语术师，发现了惊人的秘密，一场隐藏十几年的复仇计划就此揭开……

恶魔的面孔突然出现，天空、池塘也相继出现了惊人的巨脸，整个日本陷入一片恐怖的氛围。东京监察厅的检察官花崎俊夫，因秉公执法得罪了一些人，他的两个孩子相继被绑架。大侦探明智小五郎又一次与歹徒斗智斗勇，真相终于渐渐浮出水面……