大侦探明智小五郎与怪盗二十面相宿命对决的开始。怪盗精于易容术，神出鬼没，专挑有钱人的古董名品下手，而且总是预先告知作案时间，东京人人闻之色变。设计巧取羽柴家的宝石之后，他又将目标锁定了国宝佛像。但这回，大侦探明智小五郎和他的得力助手小林芳雄力挽狂澜，怪盗铩羽而归。随后，他的野心不断膨胀，竟宣称要将帝国博物馆洗劫一空，甚

东京出现了一个人人闻之变色的“黑色魔鬼”，时而融入黑暗，时而化成一道影子，阴惨惨的白牙撕开一道口子……“黑色魔鬼”到底是何方神圣？侦探团团员发现的惊天秘密，使得明智小五郎也大惊失色。大侦探明智小五郎与怪盗二十面相的第二次对决即将拉开序幕。

少年侦探团团员泰二发现一名怪异的老人蹲在十字路口画着奇怪的记号，便一路尾随，不料却落入了妖怪博士设下的陷阱。随后，少年侦探们一个接一个地下落不明，原来是他们接连破获大案，歹徒们怀恨在心，伺机报复。为了救出少年侦探们，大侦探明智小五郎大展身手，终于再次挫败了二十面相的阴谋。

东京郊外的宫濑别墅发生了入室抢劫案，歹徒的目标是指明巨额宝藏的密文。大侦探明智小五郎能否抢先破解密文，找到宝藏？歹徒又会有怎么的阴谋诡计？一场扣人心弦的激烈争斗即将展开……

月光照射下的东京银座街头，出现一个青铜模样的特大怪物，只见他身上挂着许多怀表，还不时发出令人毛骨悚然的咬牙声音。怪物走路爬行状，可速度犹如一阵风。自从青铜怪人出现后，被盗案此起彼伏。 明智大侦探与少年侦探团齐心协办，使青铜怪人终于在世人面前真相大白。

天野勇一家附近的鬼屋里，搬来了一个奇怪的魔术师，他宣称自己拥有一个奇幻王国，并邀请孩子们来参观。当勇一上台配合表扬魔术的时候，却莫名其妙地消失了……大侦探明智小五郎带领少年侦探团全体出动，终于发现了魔术师的真面目，救出了天野勇一。

东京城里有透明怪人的话题，被新闻媒体炒得沸沸扬扬。不久岛田的珍珠宝塔被人盗走，接着明智大侦探夫妇相继失踪也变成透明人。一天，透明怪人团伙的首领怪老人被抓，盘问怪老人的审讯室里居然出现三个明智大侦探，这究竟是怎么回事？明智大侦探和少年侦探团能将犯罪嫌疑人绳之以法吗？

被关押在监狱里的怪盗二十面相宣称，自己已经升级为四十面相，并成功越狱。这一回，他的目标是黄金骷髅的宝藏，大侦探明智小五郎和小林芳雄能够抢先破解宝藏的密码，并再次将四十面相绳之以法吗？

日本上空出现了宇宙飞碟，有很多人都亲眼目睹，媒体也竞相报道。飞碟中的怪人，在日本频频亮相，制造一个又一个事件，这使人们陷入恐慌。大侦探明智小五郎和他的徒弟小林芳雄，又一次与歹徒斗智斗勇，揭开宇宙飞碟和宇宙怪人的秘密……

天色暗淡的傍晚，一位白胡子爷爷出现在东京的一条街上。他与少年们交谈时谎称深山老林里有铁塔王国，并要挟高桥贤二的父亲向铁塔王国捐助巨额经费。因其父亲拒绝捐助，贤二遭到绑架。少年侦探小林秘密潜入铁塔王国，被歹徒识破，与贤二一起被关押在空中牢房，情况紧急。明智大侦探与警方能否端掉铁塔王国，抓获独角虫怪物团伙？