东京城里发生了一连串的抢劫盗窃案件，并且事后在案发现场都发现了落款灰色巨人的便笺。在珍珠塔和珍珠项链之后，歹徒将目标对准了少年侦探园井家的彩红宝石王冠，少年侦探团和流浪儿别动队全体出动，能够战胜神秘的灰色巨人吗？灰色巨人的真面目到底是什么呢？

某海难救助公司接受委托，潜入某处浅海区打捞一艘沉船，结果连沉船影子也没有见着。十天后，少年侦探贤吉在神社森林里发现一个匆忙的人影。这人让他保管一只小铁箱，箱子里藏有当年的船长遗书、保险公司的证明书和到航海图。为寻找和打捞这批黄金，潜水员先后在沉船附近发现铁人鱼、鱼形潜水艇和巨型螃蟹等……

东京城里出现了一头专门吞吃珠宝和钞票的黄金豹，它先后抢劫了银行、珠宝店，还引发了一起列车劫案，搞得人心惶惶，而且每次它消失的时候，都会出现一个老人……大侦探明智小五郎和小林芳雄带领少年侦探团层层设防，终于撕下了黄金豹的伪装，让所有的失物物归原主。

六年级学生不二夫发现院子树林里有一黄金怪人，可以瞬间变成少年和只有二十厘米高度的矮个。不久，其父亲珍藏的书失窃。又不久，少年侦探团长小林被诱骗落入圈套。明智将计就计，救出小林，与少年侦探团一起协助警方捣毁了黄金怪人的巢穴。

马戏团的演出现场惊现骷髅怪人。来历不明的骷髅怪人频频滋事，将马戏团搅得天翻地覆。同时，马戏团长的儿子正一神秘失踪。为了解真相，少年侦探团一路追踪腹语术师，发现了惊人的秘密，一场隐藏十几年的复仇计划就此揭开……

恶魔的面孔突然出现，天空、池塘也相继出现了惊人的巨脸，整个日本陷入一片恐怖的氛围。东京监察厅的检察官花崎俊夫，因秉公执法得罪了一些人，他的两个孩子相继被绑架。大侦探明智小五郎又一次与歹徒斗智斗勇，真相终于渐渐浮出水面……

赤坂见附公园发生了一起绑架案，嫌疑人是一个古怪的玩偶师。为了调查案件，小林芳雄男扮女装，真由美和口袋小和尚也屡屡深陷险境。这一切的幕后黑手到底是什么人，他的目的又是什么？大侦探明智小五郎和少年侦探们能够一一破解，取得最后的胜利吗？

四十面相又一次越狱了，这一次，他公然宣称要拿走神山先生收藏的伦勃朗的名画。大侦探明智小五郎带领少年侦探团和流浪儿别动队与四十面相团伙连番交手，口袋小和尚大显身手，不但破坏了四十面相的阴谋诡计，还一举破获了他最后的大本营——奇面城。

少年侦探团进行夜间试胆活动时，竟发现森林上空漂浮着一个红眼睛、红嘴巴的荧光脑袋。随后，诡谲的夜光人又频频出现在东京的街头、墓地，搅得人们战战兢兢，坐立不安。杉本先生家的金属佛像、赤森先生家的白玉佛像接连失窃，真假明智小五郎轮番登场，可疑的白发老人出现在活动密室的出口。这意味着什么？这一切与夜光人有着怎样的关系？明智大侦

有两个女孩找到明智小五郎的女性助手花崎真由美，说想拜明智为师。某一天花崎带上两位新弟子外出，却发现一座废弃的塔楼上有一个穿着黑色披风的男人。两名弟子落荒而逃，然而这只是某个阴谋的序幕，接下来发生了几件更可怕的事情，他们产生了什么影响？